1、含義不同：
宅基地證是當前農村村民合法擁有房屋和用地的權利憑證，可以在集體內部成員之間轉讓，但不得向非集體組織成員轉讓。宅基地證，通稱宅基證。
房產證購房者通過交易，取得房屋的合法所有權，可依法對所購房屋行使占有、使用、收益和處分的權利的證件。即《房屋所有權證》，是國家依法保護房屋所有權的合法憑證。
2、土地性質不同：
宅基地證是農村集體土地；而房產證是國有土地。
3、土地的獲得方式不同：
宅基地的地有的是很早分的沒交錢，有的是現在交錢分到的。房產證的地是通過國家公開招拍拿到的，必須交錢。土地的發證機關也不一樣，宅基地的證是鄉里的，房產證的地是縣級以上國土局發的。
4、能否買賣：
宅基地證是不讓買賣的，房產證是可以買賣的。
丟失了農村宅基地證，可以去房屋管理部門申請補辦。先登報聲明將原房屋所有權證作廢。10日后如無異議由房主申請所屬鎮的規劃建設管理站的工作人員到實地測量。房屋所有權人提供身份證、戶口薄復印件、登記聲明作廢報紙原件、村委證明等相關材料。申請重新辦理房屋所有權證。
宅基證是我國在農村合作化后，農村村民在集體土地上因建房需要，向集體組織申請建房用地，經集體報送縣(市)人民政府批準后，向縣(市)土地行政主管部門申請辦理集體土地使用權登記并由縣(市)人民政府頒發《集體土地使用證》。宅基地允許建房，但建房之前還需要提出申請，經批準以后，才能憑宅基地證和準建證去申請辦理房產證。
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