1、貸款利率不同：
公積金貸款5年以上貸款利率為3.25%，產生的總利息低；商業貸款，無折扣的情況下貸款利率為4.9%，貸款的總利息比較高；組合貸款的貸款利率介于3.25%和4.9%之間，貸款的總利息相對適中。
2、貸款的額度不同：
公積金的貸款額度受個人公積金繳存年限、余額的限制，此外，政策還規定了公積金的最高可貸款額度；組合貸款和商業貸款的貸款額度比公積金的貸款額度高。
因此，很多人在公積金貸款額度不夠的情況下，選擇組合貸款。
3、貸款的條件不同：
商業貸款的要求是個人信用良好，沒有不良征信記錄，具備還款能力。只要是購買房屋，不管是普通住宅還是商住樓、別墅、寫字樓，都可以采用商業貸款；采用公積金貸款，也要求個人的信用良好，此外還有要求，就是自貸款之日起前6個月，個人的公積金賬戶須是連續正常且足額繳納的。公積金貸款僅針對購買普通住宅的家庭，別墅等非普通住宅、商住樓等非住宅，是不可以使用公積金貸款的；組合貸款則必須同時滿足公積金貸款和商業貸款的要求。
此外，個人有公積金貸款未結清，不能再采用公積金貸款和組合貸款;而有商業貸款未結清，除開限購限貸因素外，還可以再采用商業貸款買房。還有一個問題就是，在很多城市買房，公積金異地貸款受到限制，自然組合貸款也是不行的;而商業貸款，則可以不受地方的限制。
4、貸款流程的繁簡不同：
商業貸款的流程相對簡單，在銀行申請商業貸款后，貸款很快就能發放下來；公積金貸款的流程復雜，必須先到住房資金管理中心進行申請，中心進行審核后開始辦理貸款，從申請到貸款發放，時間比較久；組合貸款中商業貸款部分向貸款銀行申請，公積金貸款部分向公積金中心申請，貸款發放的速度比公積金貸款和商業貸款都要慢。
5、資金來源不同：
住房公積金管理中心的資金來源于職工個人及所在單位繳存的住房公積金，可以簡單理解為取之于民，用之于民；商業貸款是以房產作為抵押物，向銀行等金融機構獲得一次性借款的交易；組合貸款的資金則是來自于公積金中心和銀行。
