1、資金來源不同。
住房公積金個人貸款是以住房公積金為資金來源，向繳存住房公積金的職工發放的用于購買自住住房的住房保障型貸款，是一種不以盈利為目的的政策性貸款。商業貸款是以房產作為抵押物，向銀行等金融機構獲得一次性借款的交易，是以贏利為目的，由商業銀行審核發放的一種貸款方式。
2、貸款對象不同。
住房公積金的貸款對象要具有完全民事行為能力，按月足額繳存了6個月以上的公積金，職業和收入穩定，有償還貸款本息的能力，具有良好的個人信用狀況，并且同意提供中心認可的貸款擔保，并認可貸款合同條款的約定。而商業性住房貸款的對象是經資信考察合格，具有還款能力的自然人。一般來說，信用良好，有還款能力的人都可以辦理商業貸款。
3、貸款手續不同。
公積金貸款的手續較為復雜，申請人需要提供相應資料交公積金中心柜臺審核、受理，由中心柜臺人員將申請信息錄入公積金中心貸款系統，并對申請情況進行調查核實，然后根據借款人提供的資料及調查情況確定貸款額度、年限和擔保方式，簽定合同和辦理抵押或質押手續，最后發放貸款。商業貸款是在借款人簽訂購房合同后，直接到相關銀行經辦機構或與銀行簽訂合作協議的開發商處提供有關材料即可辦理。
4、還款方式不同。
公積金貸款的還款方式較為單一，以等額本息和等額本金兩種方式為主，此外，公積金貸款只有一次提前還款的機會。商業貸款可以選擇的還款方式非常多，在提前還款的問題上也更為自由、靈活，一般商業貸款在滿一年后，每年都可以提前還款。
5、所需要費用不同。
住房公積金住房貸款一般只需要擔保費和評估費。商業銀行住房貸款一般需要律師費用、保險費用。商業貸款委托律師事務所對借款人進行資信調查，律師收取4‰的律師費，公積金貸款則不需個人交納律師費。
1.商業貸款和公積金貸款是不影響的。一般來說，個人在沒有還清銀行貸款的情況下，可以再貸款!但借款人一定要符合銀行的要求。但是要注意首付等規定以第二套房計算，7也就是說首付最低50%，利率上浮10%。
2.若第一套房的貸款已還清，無論是商業貸款還是公積金貸款，都可以用公積金貸款購買第二套房，相關規定自然也按照第二套來計算。若借款人在購買第一套房時，也是使用公積金貸款購買的，并且還未完貸款，則在購買第二套房屋時，就不能使用公積金貸款。
3.不過也有部分地方已經開始實施公積金貸款二套房首付最低兩成的政策。為進一步完善住房公積金個人住房貸款政策，支持繳存職工合理住房需求，對擁有1套住房并已結清相應購房貸款的居民家庭，為改善居住條件再次申請住房公積金委托貸款購買住房的，最低首付款比例由30%降低至20%。
